扎赉特旗地域辽阔,历史悠久。春秋战国时期为东胡旗游牧地;汉晋时为鲜卑地;南北朝为室韦地;唐代为室韦都督府所辖;金代为临潢泰州辖境;元代初为辽阳泰州辖区境,后改隶中书省。明代为兀良哈三卫朵颜卫境,木塔里山卫。明万历年间,成吉思汗弟哈布图哈撒尔第十五世孙博第达喇将科尔沁部以河为界,划给自己的儿子所做牧地,其九子阿敏分得嫩江以西的绰尔河流域,始号扎赉特部。

　　清顺治五年(1648)置扎赉特旗,隶属哲里木盟。至民国时期仍属哲里木盟,东北沦陷时期隶属为兴安总省。

　　1947年10月旗人民政府成立,隶属兴安盟。1953年兴安盟撤消后,隶属于内蒙古自治区东部行政公署。1954年东部行政公署撤消,划归呼伦贝尔盟。1969年8月,随呼伦贝尔盟划入黑龙江省。1979年又随呼伦贝尔盟划回内蒙古。1980年7月恢复兴安盟建制至今。